入局後の大まかな流れをこちらに図示しました。(クリックで拡大）
１．初期臨床研修プログラム（医師１～２年目）
東大病院では１年目に外科選択として１ヶ月半、耳鼻咽喉科をローテートすることができ、腫瘍コースで耳鼻咽喉科専門医である上級医や後期臨床研修医の指導の元、皮膚縫合など外科基本手技について幅広く研修してもらいます。２年目では２ヶ月～最大８ヶ月まで耳鼻咽喉科研修を選択することができます。耳・腫瘍・鼻・音声・嚥下などの専門領域を希望に応じて月単位でローテートすることで、より具体的な耳鼻咽喉科疾患の把握が可能です。カンファランス・回診・抄読会にも参加してもらいます。
２．後期臨床専門研修プログラム（医師３年目～）
入局後はより専門的な臨床研修を行うことになります。当科の専門研修の概要を示します。下記のような特色があります。
１）国内最多の指導医（総指導医85名、
２）国内最多の症例数（当施設群で受け入れ可能な専攻医数は耳科手術71名、
３）28の関連研修施設（うち20施設が都内にあり、
指導医数と症例数から最大28名の専攻医の受け入れが可能ですが
詳細はこちら ➡ 専門研修プログラム
（※本プログラムは一次審査を通過したものであり、まだ専門医機構による二次審査を踏まえて修正・変更があることをご承知おきください。）
入局後の専門研修１年目は東大病院で耳コース、腫瘍コース、気管食道コース、外来コースを数ヶ月単位でローテートし、耳・めまい・顔面神経・腫瘍・鼻・音声・嚥下などの専門領域について診断、治療、術前検査、手術手技、術後管理まで幅広く学びます。
診断の流れ、適切な治療法の選択、予後・合併症などについて、専門外来のカンファや術前検討会を中心に学びます。知識の研修という意味では、教室の諸先輩を含めた講師陣により質が高く内容が濃いセミナーを半年にわたり受講します。
手術は鼓膜形成、乳突削開、内視鏡下鼻副鼻腔手術・鼻中隔矯正術、アデノイド切除・口蓋扁桃摘出、喉頭微細手術、頸部良性腫瘍摘出など、上級医の直接指導の下、耳鼻咽喉科領域の手術の中でもより一般的なものから術者となり、その後の関連病院での研修でより成長できるよう基礎を学びます。また人工内耳手術や頭蓋底手術などの先進的かつ高度な手術も多く経験します。
地方会や専門学会に発表のトレーニングも卒後3年目（専門研修１年目）から開始します。意欲的な人は国際学会でも発表してもらい、かつ英文論文の執筆トレーニングも徹底的に行います。「鉄は熱いうちに打て」は研修にもあてはまりますので、臨床の技術と心、そして臨床に根ざしたアカデミックな好奇心を養うようにトレーニングしています。
2年目（卒後4年目）からは外病院に巣立ち、数施設の関連病院で研修を継続するシステムを取っています。卒後７年目に専門医試験を受けることになりますが、100％に近い合格率であり、特別な準備をせずとも専門医資格を取得できる十分な研修体制と自負しています。関連病院で一定期間（3～5年）の研修後は東大病院に戻り、さらなる専門性の獲得と研究および若手研修医の指導などを行います。
３．関連病院
医局関連病院一覧はこちら
４．学位・留学、その後の進路
留学は学位を取得してから行うことを基本にしていますが、海外での研究の必要性などを考慮し、希望によっては早期の留学も行っています。留学をサポートする研究費を多く獲得してきており、海外生活に困らないように教室全体で応援しています。数カ所の国際共同研究を行っている機関は受け入れに積極的であり、また自主的に留学先を探す場合もサポートをしています。
大学院には専門医取得後に進学するケースが多いですが、早期の進学希望にも対応しています。そのような場合でも専門研修を少なくとも１年は経験してから進学を勧めています。我々は臨床医ですので、臨床における問題の自覚に基づいた研究をしてもらいたいという希望からそのようにしています。また論文博士の指導も積極的に行い、大学や関連病院の臨床に従事していても学位がとれるように工夫しています。動物実験室や組織、生理、分子生物学の研究設備は整っており、また3名の研究補助員が研究をサポートしています。ヒトを対象とした研究も盛んで、MEG、MRI、誘発反応など多岐にわたる手法による解析が可能です。専門医獲得後はほとんどのものが学位を取得しており、その後の進路としては教職、関連病院部長・指導医、開業など多岐にわたります。